1. 脂質體法。中性脂質體是利用脂質膜包裹DNA，借助脂質膜將DNA導入細胞膜內。帶正電的陽離子脂質體則不同，DNA并沒有預先包埋在脂質體中，而是帶負電的DNA自動結合到帶正電的脂質體上，形成DNA-陽離子脂質體復合物，從而吸附到帶負電的細胞膜表面，經過內吞被導入細胞。脂質體法始于1987年，此法的出現使得轉染效率、轉染的穩定性和可重復性大大提高。陽離子脂質體細胞毒性相對較高，對不同的細胞可能會干擾細胞的代謝。
2. 電穿孔法。通過短暫的高電場電脈沖處理細胞，沿細胞膜的電壓差異會導致細胞膜的暫時穿孔。DNA被認為是穿過孔擴散到細胞內的。電脈沖和場強的優化對于成功的轉染非常重要，因為過高的場強和過長的電脈沖時間會不可逆地傷害細胞膜而裂解細胞。理論上說電穿孔法可用于各種細胞，且不需要另外采購特殊試劑，但需要昂貴的電轉儀。此法每次轉染需要更多的細胞和DNA，因為細胞的死亡率高。每種細胞電轉的條件都需要進行多次優化。
3. 病毒介導的感染。感染需要將目的基因克隆到特定的病毒體系中，經過包裝細胞的包裝得到改造后的病毒，再進行感染。優點是轉染效率特別高，尤其是難以轉染的原代細胞、活體細胞。缺點是構建病毒周期長，環節多，易出錯，費用也高。
4，非脂質體轉染 。新研發的納米聚合物轉染試劑，如Entranster試劑，納米材料，細胞毒性小，轉染效率高，漸漸成為各大實驗室的首用轉染試劑。
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