超凈工作臺使用壽命的長短與空氣的潔凈程度有關。在溫帶地區超凈臺可在一般實驗室使用，然而在熱帶或亞熱帶地區，由于大氣中含有高量的花粉，或多粉塵的地區，超凈臺則宜放在較好的有雙道門的室內使用。任何情況下不應將超凈臺的進風罩對著開敞的門或窗，以免影響濾清器的使用壽命。
超凈臺進風口在背面或正面的下方，金屬網罩內有一普通泡沫塑料片或無紡布，用以阻攔大顆粒塵埃，應常檢查、拆洗，如發現泡沫塑料老化，要及時更換。除進風口以外，如有漏氣孔隙，應當堵嚴，如貼膠布，塞棉花，貼膠水紙等。工作臺正面的金屬網罩內是超級濾清器，超級濾清器也可更換，如因使用年久，塵粒堵塞，風速減小，不能保證無菌操作時，則可換上新的。
在超凈工作臺上亦可吊裝紫外線燈，但應裝在照明燈罩之外，并錯開照明燈平行排列，這樣在工作時不妨礙照明。若將紫外線燈裝入照明燈罩(玻璃板)里面，這是毫無用處的，因為紫外線不能穿透玻璃，它的燈管是石英玻璃，而不是硅酸鹽玻璃制成的。接種室內力求簡潔，凡與本室工作無直接關系的物品一律不能放入，以利保持無菌狀態。
接種室內的空氣與外界空氣應隔絕，預留的通氣孔道應盡量密閉。通氣孔道可設上下氣窗，氣窗面積宜稍大，需覆上4層紗布作簡單濾塵。在一天工作之后，可開窗充分換氣，然后再予以密閉。總之，既要清潔無塵無菌，又要空氣新鮮，適宜工作。覆在通氣窗上的紗布應經常換洗。但是上述種種措施只是理想的設計方案，往往不易全面做到，其實只要嚴格無菌操作手續，在門窗敞開的室內，有一超凈臺的保護，接種的污染率仍可控制在生產上可以容忍的水平。
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