微生物基因組DNA序列標準RM 8375建議使用基因組序列來評估變異調用的準確性,而不是基因組組裝,因為正交測量方法對基因組序列結構存在分歧,并且無法解決差異。由于與用于評估堿基調用準確性的方法相關的復雜性以及基因組序列中的潛在錯誤,強烈建議用戶手動檢查具有高堿基調用錯誤率的推定區域周圍的對齊讀數。
微生物基因組DNA序列標準RM 8375這些組件基于來自多種測量方法的數據;我們使用多種正交方法對材料進行了評估,以盡量減少與各個平臺相關的系統誤差的影響。這些數據可在國家生物技術信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案 (SRA) 中以生物樣品 SAMN02854572、SAMN02854573、SAMN02854574 和 SAMN02854575 的 MG-001、MG-002、分別為 MG-003 和 MG-004 [4]。
序列分析是生物信息學重要的研究課題,其研究內容和許多熱點問題密切相關,如種系發生學、分 子進化、突變和選擇對基因以及蛋白質的影響、基因組和基因的組分與蛋白質組分之間的關系、密碼子 的起源以及密碼子模式和密碼子使用的偏好性等等。
不同微生物生存條件不同,受環境等因素影響不同,基因組的組分差別很大,對于這種差別通常用 基因組堿基 G 和 C 的含量描述。 早在上世紀中葉, 已有學者提出微生物基因組 GC 含量范圍在 26%-74% 之間[4],隨著大規模微生物基因組測序計劃的不斷發展,大量微生物基因組序列已被測定,現有數據表 明微生物基因組 GC 含量的變化范圍已經超出這一范圍。2004 年, 天津大學張春霆教授發表文章對 809 種生物基因組和 236 個質粒進行分析[12], 提出 S 參數描述基因組的組分,并第一次對所有物種基因組的 GC 含量區間進行預測。雖然,目前 NCBI 網站公布的基因組 GC 含量數據已超出其預測值,但這方面 工作仍然具有重要意義,這方面的理論還有待于進一步發展。
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