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1.液層高度的控制方法：取下濾器頂部膠帽，向濾器內泵入沖洗液，沖洗液至適宜高度時，套上膠帽
2.沖洗時，若出現濾膜上無液層覆蓋現象，說明濾器內氣壓過高，取下膠帽放氣，然后套上。
3.應保持雙芯針頭空氣過濾內的濾膜的干燥，可確保其留意暢通。
4.根據樣品性狀，控制集菌儀適宜轉速，以進液管不出現氣泡為宜。若進液管出現氣泡，將低轉速既可避免，否則應檢查針頭是否被堵塞。
5.為便于操作，推薦選用帶膠塞的500ml玻璃吸濕器。
6.未盡事宜請參考《藥典》附錄“無菌檢查法和微生物限度檢查發"章節 
智能集菌儀抑菌性樣品（粉劑）sop
●  取出一次性取出一次性培養器（軟管前端有溶解針頭和稀釋針頭）先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內打開無菌包裝。
●  將一次性培養器逐個插放在不銹鋼排液槽上。
●  將一次性培養器的彈性軟管裝入集菌儀的蠕動泵頭，要求定位準確，軟管走勢順暢。
●  溶解針頭和樣品瓶口需酒精燈火焰消毒，插到樣品瓶里，過濾樣品前，先將濾帽取下，然后將稀釋液過濾到一次性培養器至每杯
●摘下一次性培養器頂部空氣濾器開口的膠塞，套在一次性培養器的底口上，用軟管夾子依次開閉軟管，開啟集菌儀，將培養基泵注入的培養器內。（先取兩個夾子夾住彈性軟管定位處的兩根管子，先加入改良馬丁培養基；再取另外一個夾子夾住另外一根管子，并拔去先前的兩個夾子，加入硫乙醇酸鹽流體培養基）。
●用夾子夾閉與一次性培養器連接部的軟管，留出5-6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣濾器的開口上。
●分別按照藥典規定的培養時間進行培養。
●觀察培養情況，若需取樣分離培養，可將軟管消毒，用無菌注射器插入軟管抽取所需量做進一步檢查。