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泵是離子色譜儀進樣系統的動力源，其作用是在高壓線將流動相輸入到分離系統，使樣品在分離柱中完成分離過程。如果泵的工作情況不正常，就會出現系統壓力和流量不穩定、噪音增大、色譜峰形異常等情況，影響分析結果。因此泵的維護也是很重要的。
1.儀器初次使用或更換淋洗液時，管路中的氣泡很容易進入泵內，造成系統壓力和流量不穩定，可先用超聲脫氣的辦法除去溶液中大部分氣體，再用惰性氣體(氨氣或高純氮氣)在線脫氣的方法處理。已進入泵內的氣泡可以通過排氣閥排除。具體方法：將泵流速稍微降低，擰開排氣閥，用一個注射器在啟動閥處從泵內抽出淋洗液，可反復幾次直到氣泡排除為止。
2.防止固體顆粒對泵的損壞。任何固體微粒進入泵體，包括塵埃或其它任何雜質都會磨損柱塞、密封環、缸體和單向閥，可采用0.2μm或0.45μm的過濾頭除去流動相中的任何因體微粒。過濾頭須經常更換，進液處的沙芯過濾頭要經常清洗。
3.泵的工作壓力一定要適當。泵的工作壓力不要超過規定的壓力上限，否則會使高壓密封環變形，產生漏液。剛開機時,盡量避免直接將流速提高至流速，可采取緩慢提高流速的方法，依次將流速逐步加大至流速，避免因柱壓迅速升高而損壞色譜柱和泵體。
4.長時間停機前要沖洗。當需要停機很長時間時，需要在關機前用去離子水代替流動相，將整個系統清洗20~30 min，保證泵體不會堵塞。
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