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水質采樣器主要用于水質樣品的采集。現實中水質采樣器往往需要在水質不達標的水體中工作，水體中的污染物質以及泥沙、藻類等都可能污染水質采樣器。因此水質采樣器安裝完成后還需要定期清洗采樣器并進行維護保養，以保證水質采樣器可以正常工作。
清洗采樣頭
定期檢查、清洗水質采樣器采樣頭，防止采樣頭被堵死，清洗周期應根據實際水樣情況而定。
清洗采樣器外殼和樣品儲存室
用濕海綿和溫和的洗滌劑來清洗采樣器的外殼以及內外的樣品室，包括采樣器的4個側面，采樣器制冷系統是通過采樣器的殼體散熱的，不要使用任何有磨損性的清洗劑。
清洗樣品瓶
用刷子和溫和的洗滌液來清洗樣品瓶，然后用清水淋洗，再用蒸餾水淋洗。
清洗混勻桶
當水質采樣器在超標留樣模式下工作時，為保證超標水樣互不干擾，應定期清洗混合采樣桶，清洗頻次根據現場水質情況決定。
清洗進口管和泵管
用溫和的洗滌液或者其它清洗液體用泵壓過管道來達到清洗的目的。可以使用采樣器的手動模式。(采樣泵不需要日常的潤滑保養。請不要用油脂、硅脂、油或者其它的潤滑劑來試圖對泵進行潤滑處理，因為這些將大大地降低泵管以及轉子組件的壽命。)
定期更換蠕動泵管
根據實際水質情況，定期更換蠕動泵管；按照每天采樣24瓶，每次1000毫升計算，大約1個月需要對蠕動管進行更換，以保證采樣量的準確；或者當連續發現采樣量波動比較大時，則需要更換蠕動管。
定期校準
根據實際使用情況，定期進行采樣量和管存量校準。例如采樣的液體油污較多，很容易易附著在管路上，影響采樣器的準確性。
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