冷凍干燥機干燥中的加熱方式有一般輻射加熱、接觸加熱和微波加熱。一般輻射加熱和接觸加熱都是隨著干燥中升華表面向內退縮, 已干層的厚度愈來愈厚, 凍結層愈來愈薄, 相應的傳質阻力愈來愈大。微波加熱可以克服常規干燥熱傳導率低的缺點, 從物料內部開始升溫, 并由于蒸發作用使冰塊內層溫度高于外層, 對升華的排濕通道作用。

　　它還可以有選擇性地針對冰塊加熱, 而已干燥部分卻很少吸收微波能, 從而干燥速率大大增加, 干燥時間可比常規干燥縮短1倍以上。此外, 因微波真空冷凍干燥物料速度快, 物料內冰塊迅速升華, 因而使得物料呈多孔性結構, 更易復水和壓縮, 而且可更好地保留揮發性組分。3種加熱方式, 過去用得較多的是接觸加熱和一般輻射加熱, 而微波加熱可使加熱周期大大縮短, 加工成本降低。

　　較多的應用于較厚的物料和具有較低的熱降解溫度或高附加值的物料, 為現在真空冷凍干燥技術中最多采用的加熱方式。