凍干機真空冷凍干燥是將含水物質先凍結成固態，然后使其中的水份從固態升華成氣態，從而除去水份而保存物質的方法。
一、凍干機冷凍干燥的基本過程如下：
a.制品的制備(前處理)：如藥物的培養、滅菌、分裝、洗瓶、半加塞等，食品原料的挑選、清洗、切分、滅酶、分裝等。
b.制品的凍結(預凍)：將制品凍結成固態。
c.第①階段干燥(升華干燥)：將制品中的冰晶以升華方式除去。
d.第二階段干燥(解吸干燥)：將殘留于制品的水分在較高溫度下蒸發一部分，使殘余水分達到預定要求。
e.密封包裝：已干制品一般應在真空或充惰性氣體條件下密封包裝，以利于儲存。
二、凍干機的使用
1. 在每次開機之前，首先檢查真空泵中泵油是否足夠。
2. 擰開排水閥門，讓里面殘留的水流出。排干后再擰緊閥門。
3. 檢查凍干腔與冷阱的接觸部分是否完好，必要時清潔及重新調整。
4. 關閉所有的閥(與凍干瓶直接相連的閥，白色旋鈕向上即為關閉)。關閉冷阱與真空泵想連接的閥(在儀器后面，與真空管相連接)。
5. 打開冷阱電源開關，打開真空泵電源開關。
6. 15分鐘后，打開冷阱與真空泵相連接的那個閥門。
7. 1分鐘以后，即可把已經預凍好的樣品(已經在凍干瓶中)掛在支架上，打開相對應的閥門后即可進行凍干過程。
8. 凍干結束后，關閉相對應的閥(白色旋鈕向上)，取下凍干瓶。
9. 待所有凍干瓶取下后，依次關閉真空泵電源和冷阱電源。
10. 待冷阱中的霜融化后，打開排水閥門進行排水，然后關閉。
簡而言之，凍干機真空冷凍干燥就是把含有大量水份的物質，預先進行降溫凍結成固體，然后在一定真空條件下使水蒸汽直接從固體中升華出來，而物質本身剩留在凍結時的冰架中，因此它干燥后體積不變、疏松多孔，冰在升華時要吸收熱量，引起制品本身溫度下降而減慢升華速度，為了增加升華速度，縮短干燥時間，必須要對制品進行適當加熱。整個干燥過程是在較低溫度下進行的。
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